Une ancienne tradition veut que la famille de Rouget de Lisle soit originaire de la région de Montpellier, où elle professait la religion protestante, bien qu'aucune source avérée n'ai pu l'étayer.
C'est vers 1625 qu'elle serait venue s'installer dans la région de Niort, fuyant les guerres de religion. La branche aînée de cette famille, d'où est issu l'auteur de la Marseillaise s'est d'abord établie à Dôle, puis à Lons-le-Saunier, où elle a occupé les premières places de la magistrature.
 Né le 10 mai 1760 à Lons-le-Saunier, du légitime mariage de Claude Ignace Rouget et de Jeanne Madeleine Gaillande, il est l'aîné d'une famille de 8 enfants ( 5 garçons et 3 filles ).
Il passera sa jeunesse à Lons-le-Saunier où il fit ses études au collège de cette ville; on lui prête d'ailleurs des talents de compositeur et de poète précoces.
Destiné à la carrière des armes, il entre à l'école du génie civil d'où il sort en 1784 avec le grade d'aspirant lieutenant en second au corps royal du génie.
 La Révolution n'interromp en rien la poursuite de sa carrière militaire, qui sans être brillante, lui permettra de faire montre de son attachement aux idées de 1789.
Capitaine de 5e classe au génie dans l'armée du Rhin, il est à Strasbourg le 24 avril 1792 au moment de la déclaration de guerre au Roi de Bohème et de Hongrie, c'est au cours d'une réception organisée par le maire Dietrich, qu'il improvise dans la deuxième partie de la nuit du 24 au 25, son chant de guerre pour l'armée du Rhin, dédié au maréchal Lukner, ce qui lui vaudra de passer à la postérité ( appelé plus tard hymne des marseillois ).
Il sera par la suite volontaire dans l'armée des Ardennes.
Sous la terreur, il est suspecté et incarcéré à la prison de Saint-Germain-en-Laye, ce qui lui inspirera son hyme au 9 thermidor pour célèbrer la chute de Robespierre.
La convention post-thermidorienne saura récompenser celui que l'on considère maintenant comme le Tyrtée français, une loi du
26 messidor an III ( 24 juillet 1795 ) porte d'ailleurs que " les airs et chants civiques qui ont contribué au succès de la Révolution seront exécutés par les corps de musique de la garde nationale et des troupes de ligne".
Après un passage à l'armée de l'ouest à la suite de Tallien, il mettra définitivement fin à sa carrière militaire le 9 avril 1796, pour occuper diverses fonctions, dont celle d'agent accrédité auprès du gouvernement français par l'ambassade de la république Batave.
 Sous l'empire, on le retrouve à la tête d'une entreprise de fournitures de vivres auprès des armées.
La carrière litteraire sans relief que Rouget de Lisle poursuivra ensuite, en rédigeant des préfaces, traduisant des ouvrages de l'anglais et publiant des mémoires ne lui vaudra pas la fortune.
Il finira d'ailleurs sa vie dans une relative précarité matèrielle, devant même vendre la part d'héritage de la propriété venant de son père, c'est seulement sous la monarchie de Juillet que Louis Philippe lui accordera sur sa cassette personnelle une pension viagère de 1500 francs, à laquelle s'ajouteront deux pensions de 1000 francs respectivement octroyées par les ministres du commerce et de l'intèrieur.
C'est peu de temps après qu'il s'éteind à Choisy le Roi le 26 juin 1836 à l'âge avancé de 76 ans.