Très tôt des controverses sont nées pour contester de façon purement formelle la paternité de la Marseillaise à Rouget de Lisle.
Une première fois en 1842, un auteur allemand a soutenu la thèse de la naissance de l'hymne patriotique sur le sol germanique, s'appuyant sur une mention erronée portée dans la "Chronique de Paris" numéro du 29 août 1792 où l'on peut lire :"On entend demander actuellement dans tous les spectacles ALLONS ENFANS DE LA PATRIE. Les paroles sont de M. Rouget, capitaine du génie en garnison à Huninge. L'air a été composé par ALLEMAND pour l'armée de Biron.....".
M. G. Kastner a démonté cette théorie en 1848 dans ses articles de la revue et gazette musicale des 26.03.1848 et 16.04.1848.

 Le 19.07.1863, parait un article de cette même publication intitulé :" Rouget de Lisle n'est pas l'auteur de la Marseillaise, j'en fournirai la preuve..", article à sensation du à la plume de M. Fétis, musicographe belge en mal de publicité qui prétendait posséder dans sa bibliothèque un ouvrage portant le titre :" Marche des Marseillois, musique de Navoigille". Cette polémique née autour d'un ouvrage jamais présenté, d'une édition d'ailleurs postèrieure à la première publication du chant de guerre pour l'armée du Rhin, ne présente de réel intérêt que par les arguments définitifs et difficilement récusables exposés par les détracteurs de M. Fétis, qui s'est d'ailleurs rétracté par une lettre publiée dans la gazette musicale du 30.10.1864 ; à la veille de comparaitre en justice.

Documents présentés :
*Compte rendu d'une séance de la Convention du 26 messidor an III ( 14.07.1795 ) :
Demande pour que l'hymne composé par Rouget de Lisle soit chanté à la prochaine fête publique.
*Séance de la Convention du 9 Thermidor an III : Fréron :"J'appelle l'intérêt et la justice des comités du gouvernement sur l'auteur de l'hymne que vous venez d'entendre, sur Rouget de Lisle, qui sait également chanter la liberté et combattre pour elle...
Je demande que le comité de salut public s'occupe promptement de le récompenser, en lui donnant de l'emploi dans les armées de la République." ( Il était incarcéré sous la terreur ).
( paru au moniteur du 15 thermidor an III, 02.08.1795 )
*Proclamation faite au chant de Mars le 1er vendémiaire an V, anniversaire de la République, conformément à l'arrêté du Directoire.
On y parle de Rouget de Lisle, le véritable Tyrtée français par l'influence de son chant marseillais, dont il est le poète et compositeur tout ensemble.
( paru au moniteur du 10 vendémiaire an V, 20.09.1797 )

*Témoignage de M. Gretry dans ses mémoires publiées en 1797 :
"On a attribué l'air des Marseillois à moi et à tous ceux qui ont fait quelques accompagnements. L'auteur de cet air est le même que celui des paroles, c'est le citoyen Rouget de Lisle.
Il m'envoya son hymne : Allons enfants de la patrie, de Strasbourg où il était alors, six mois avant qu'il fut connu à Paris ; j'en fit d'après l'invitation de l'auteur, tirer plusieurs copies que je distribuais."

*Témoignage de Rouget de Lisle dans " les cinquantes chants français " ( 1825 )
" Hymne des Marseillais : je fis les paroles et l'air de ce chant à Strasbourg, dans la nuit qui suivit la proclamation de la guerre, fin avril 1792. Intitulé d'abord, chant de l'armée du Rhin, il parvint à Marseilles par la voie d'un journal constitutionnel, rédigé sous les auspices de l'illustre et regretté Dietrich.
Lorsqu'il fit son explosion quelques mois après, j'étais errant en Alsace, sous le poids d'une destitution encourue à Huninge, pour avoir refusé d'adhérer à la catastrophe du 10 août, et poursuivi par la proscription immédiate qui, l'année suivante, dès le commencement de la terreur me jetât dans les prisons de Robespierre, d'où je ne sortis qu'après le 9 Thermidor."